Pour l'agglomération parisienne, constituée de Paris et des départements de la petite couronne, c'est-à-dire les Hauts-de-Seine, la Seine-Saint-Denis et le Val-de-Marne, c'est la Préfecture de Police de Paris, aussi appelée « PP » qui est compétente. Placée sous l'autorité du préfet de police, elle assure les mêmes missions de sécurité intérieure (police de proximité, police judiciaire, renseignement…) que la direction générale de la Police nationale mais dans la compétence géographique précitée. Bien que les fonctionnaire de police affectés dans les directions de la PP appartiennent aux corps de la Police nationale, le directeur général de la Police nationale n'a aucune autorité sur les services de la PP. En effet, le préfet de police en dispose exclusivement et ce dernier relève directement de l'autorité du ministre de l'Intérieur. Il s'agit d'une situation unique en France, eu égard au statut particulier de la Préfecture de Police. Il faut également souligner que le préfet de police est placé sur le plan protocolaire au-dessus du directeur général de la Police nationale, compte tenu de la concentration des pouvoirs qui sont les siens et qui ne touchent pas qu'à la sécurité publique puisqu'il a d'autres prérogatives (direction de la Zone de défense et de sécurité de toute l'Ile de France-autre que militaire-, délivrance des documents d'identité et des permis de conduire, brigade des sapeurs-pompiers de Paris, professions réglementées, services vétérinaires, santé mentale...). Toutefois, cette spécificité ne remet pas en cause l'unité de la Police nationale, dont la PP est une composante, instituée en 1966 avec la fusion de la police parisienne et de la sûreté nationale. Sa direction la plus connue est sans doute la direction de la police judiciaire, le fameux "36 Quai des Orfèvres", du nom de l'adresse de son siège (qui va d'ailleurs déménager dans le quartier parisien des Batignolles en 2017).
En 2012 a été créée une Préfecture de police des Bouches-du-Rhône dont le siège est à Marseille et qui est compétente pour les question de sécurité sur le territoire du département des Bouches-du-Rhône, mais ses prérogatives ne sont pas aussi étendues que celles du préfet de police de Paris.